Сигналом к началу штурма послужил подрыв правительственного узла связи в Кабуле. Тадж-Бек оказался в изоляции. Кабульский гарнизон блокировали советские десантники.
В 19:15 бойцы "мусульманского батальона" и групп КГБ приступили к ликвидации часовых. Скрытно сделать это не удалось — с блокпостов открыли огонь. На выстрелы отреагировали афганские военнослужащие, находившиеся в казармах. Штурмующим удалось нейтрализовать часть командиров гарнизона охраны — в рядах афганцев возникла неразбериха.
Для подавления огневых точек и отсечения подкрепления спецназ ГРУ подключил четыре зенитные "Шилки".
Штурмовые группы КГБ ворвались на территорию резиденции на нескольких БТР и БМП и сразу же попали под шквальный пулеметный и автоматный огонь — у спецназовцев появились погибшие и раненые. Разделившись на несколько отрядов, проникли в здание. Внутри штурмовые группы столкнулись с жестоким сопротивлением гвардейцев.
Спецназу удалось подавить огонь охранников и перехватить инициативу. Началась методичная зачистка помещений. Проверяли каждую комнату. Если двери были заблокированы, их выламывали и кидали внутрь гранаты. Хафизулла Амин был убит. Главная задача была выполнена.
Из воспоминаний участников штурма:
— Несмотря на такой большой срок, у нас осталось ощущение близости с теми сотрудниками, с которыми мы штурмовали дворец. Знаю, каковы эти люди в деле, как они действовали во время штурма. И я оценил каждого из них, так же, как, наверное, и они меня оценивали. Эта дружба у меня осталась.